まずここから「網点フィルタ」をダウンロードします。

次にこの網点フィルターをPixiaに追加します。
ダウンロードした「km_tone」を解凍し、中の「km_tone.dll」をインストールした 場所（普通にインストールしていれば「ローカルディスクC:｣→｢Program File」）の、「Pixia」→「filter」に行きます。ここで新しく「漫画作成」 というフォルダを作成します。そしてその中に「km_tone.dll」をぺーストします。面倒だったら「その他」の中に入れてもいいと思います。

Pixiaを起動するとフィルタ機能に「網点」の項目が追加されます。

フィルタウィンドウの「漫画作成」→「網点」を選択します。
その状態で「設定」ボタンをクリックします。

大して難しい設定ではありません。
ドットを多くしたい場合は「線数」パラメータ、全体のトーンの向きを変えたい場合は「角度」、トーンパターンの変更は「配列」、という感じです。

上が実行結果です。色々な設定で実行してみました。一般的な漫画制作ではこのフィルタで十分ではないでしょうか。